举凡PPC智能手机所预置的应用软件，自然少不了与电脑连接的ActiveSync软件和PDF、Word、Excel等常见的软件，除此之外，Atom还预置了GPRS流量记录工具，这对于精打细算的朋友来说个相当不错的功能，且该记录功能支持日流量及月流量等记录方式，为使用者提供“真真切切使用，明明白白查看”的人性化服务。
Pocket MSN功能的加入是意料之中的事情，且5.0版系统较2003版的系统增加了Hotmail邮件的收发功能，这对于喜欢MSN邮件传输的朋友而言是个不错的功能。另外，让人欣慰的还有针对短信息的SMS Plus加强软件，该软件提供类似QQ的聊天界面，还可查看聊天记录，并能将接收到的信息按类划分，相当实用。而出现在以往PPC手机上的自测功能，也在Atom身上得以体现，可对按键、屏幕、铃声、闪光灯、收音机、蓝牙、存储卡等多达20项功能进行自我检测，覆盖范围相当广阔。
有着娱乐定位的Xda Atom，除了独具特色的多媒体管理软件，还拥有可调节贝斯音乐、电子舞曲、重金属、爵士音乐、钢琴乐及自定义等多达14种的音乐模式的均衡器，给音乐播放提供强大的“软支持”，且效果明显。而图片编辑功能方面，Atom预置了Photo Album图片浏览软件和Photo Editor编辑软件，可对图片进行裁切、旋转、大小调整、亮度、对比度以及变形、滤镜等类似Photoshop上的编辑功能，不过反应速度有待于提高。此外，Atom预置了“设定小精灵”，可对我的资讯、电子信箱、Today、资料交换、声音、屏幕、按键、相机进行设定，极为方便，且能将每项功能的重点囊括其中，人性化程度相当高。
